Il 17 dicembre moriva Gregorio VIII, due giorni dopo, il 19 dicembre 1187, il collegio cardinalizio elesse a Pisa e consacrato in duomo il giorno successivo il cardinale vescovo Paolo di Palestrina, che prese il nome di Clemente III.
Lui Romano di nascita, primo obiettivo che si prefissò immediatamente fu quello di far pace con la repubblica romana, che dai tempi di Innocenzo II e di Arnaldo di Brescia aveva sempre combattuto contro i papi.
Da Pisa iniziò subito le trattative, e già ai primi di febbraio, accompagnato da Leone console, accolto con molto onore, fece il suo ingresso a Roma. Poi il 31 maggio stipulò l'accordo con il Senato che si impegnava con un giuramento a riconoscere il papa come principe supremo, mentre lui investiva il Campidoglio della dignità sua.
Oltre questo, il papa si riservò il diritto di coniare moneta; tornarono a lui tutti i precedenti redditi; con i donativi si impegnò a riparare tutti i danni di guerra e a finanziare gli ordini amministrativi; a spendere cento libbre d'oro all'anno per restaurare le mura di Roma; a concedere dei donativi in denaro ai Senatori; a impiegare- pagandola- la milizia romana per la difesa del suo patrimonio.
Quello strumento che compilò e giurò il Senato nell'anno quarantaquattresimo della sua istituzione, l'ultimo giorno di maggio del 1188, ci fu per buona fortuna conservato.
"Da quarantaquattro anni, da quando - scrive il Comani - esisteva il Senato romano, i Pontefici erano stati incessantemente vittime di questa rivoluzione civica: vedemmo Innocenzo II e Celestino II finir tristemente la vita; Lucio II morire di una sassata; Eugenio, Alessandro, Lucio III, Urbano III, Gregorio VIII passar la vita erranti ed esuli. Adesso finalmente Clemente III riconduceva il Papato a Roma, ma concludeva una pace con la città, come una potenza autonoma che lui ufficialmente per tale riconosceva".

Questi passi pacifici e di riconoscimento del papa verso la repubblica romana, ovviamente obbligò l'alta nobiltà a riconoscere il Senato e, non volendo rimanere fuori gioco, alcuni nobili dicendo che volevano dargli (come nell'antica Roma) un senso aristocratico, vi inserirono dei loro membri. Cosicchè ben presto l'origine democratica della Repubblica comincio ad essere stravolta. Anzi le conquiste liberali dei democratici (del popolo e della borghesia) i nobili le fecero proprie.
Era comunque un grosso successo, e il Comune di Roma godette alcune conquiste al pari degli altri Comuni italiani.
Questo era il frutto delle vittorie lombarde, ma anche dell'energica resistenza opposta dai Romani contro l'imperatore, contro il papa, contro l'alta nobiltà. L'affermazione della democrazia romana è un avvenimento rilevante di questa periodo; ed infatti, quantunque mancassero quelle buone fortune e quei solidi ordinamenti che avevano avute e conseguite le città della Lombardia e della Toscana, tuttavia i Romani diedero prova di dignità, di fermezza e di circospetta accortezza.
Nel complesso, Roma si pose con il papa in quei medesimi obblighi che le città lombarde avevano stabilito tra loro e l'imperatore, ossia si tornò ai trattati conclusi ai tempi di Eugenio III e di Alessandro III.
Non vi era alcun articolo che definiva se la repubblica aveva il diritto di far guerra e pace con i suoi nemici senza l'intervento del papa; ma questo era sottinteso perché Roma era libera, e il Santo Padre nella sua città si trovava in condizioni eguali a quelle di altri vescovi nelle città libere, sebbene con gran riverenza gli fossero tributati titoli e onori di podestà temporale.

"In tal modo la costituzione dell'anno 1188 segnò un rilevante progresso del comune romano; fu così spazzata via la podestà imperiale dell'età dei Carolingi, e analogamente la podestà patrizia del tempo dei Franchi. Ai diritti imperiali non si dava più retta. Veniva sciolto ogni vincolo di Roma con l'impero, dal momento che i Papi avevano acquisito libertà di elezione.
FEDERICO I nella sua investitura -quella del 1155 quando si fece incoronare con tutta la città in piena ribellione- aveva disprezzato i voti dei Romani, ma poi nel trattato di Anagni, rinunciando alla prefettura, aveva nel contempo rinunciato alla podestà imperiale.
La città dunque, era uscita dai lacci degli antichi legami; il papa non aveva più potere di governo né di legislazione, il suo stato temporale era ristretto al solo possedimento di regalie e di beni ecclesiastici, tuttavia non cessavano i concreti e speciali caratteristici rapporti feudali.
"Quindi il Pontefice era ugualmente potente, perché continuava ad essere il maggior possidente di terre, perché aveva e poteva disporre dei suoi maggiori feudi, e perché su questi avendone l'antico diritto poteva chiamare in armi numerosi vassalli.
Mentre la sua autorità - su Roma- come principe territoriale, consisteva soltanto nell'investitura che egli concedeva ai magistrati della repubblica liberamente eletti dal Comune; nell'associazione dei suoi ordini giudiziari con quelli civici; nelle controversie di natura mista.
Pertanto la cessazione della potestà pontificia, che avvenne grazie alla sola forza del Comune romano, è uno dei fatti più gloriosi nella storia di Roma, ai tempi di mezzo: soltanto adesso la città riuscì nuovamente a pretendere la stima del mondo civile"(Comano).

Chiusa nel miglior modo la questione, Clemente III rivolse le sue premure alle Crociate. Ormai in Europa -dopo le umilianti vittorie di Saladino (1187) che aveva espugnato prima S.G. d'Acri poi Gerusalemme- non si pensava che alla crociata. Per promuoverle il papa doveva però prima risolvere i vecchi problemi che avevano inquinato i rapporti della Chiesa con l'Impero; infatti, le vecchie discordie non erano ancora state ancora appianate. Con Federico Barbarossa, compose la questione del vescovado di Treviri, e alla Dieta di Magonza del 27 marzo 1188, lo stesso imperatore gli promise di partire subito per la Crociata (anche se poi il realtà partì l'anno dopo).
Quanto alla Francia e all'Inghilterra, Filippo II Augusto di Francia ed Enrico II d'Inghilterra, pure loro si riconciliarono e acconsentirono di partire per la Santa missione.
Genova e Pisa, messi in disparte gli odi, si misero ad allestire flotte; i Veneziani in lotta con gli Ungari per la città di Zara, stipularono una tregua e richiamarono navi e i marinai che risiedevano nei porti stranieri

Nel marzo del 1188, aderì anche Guglielmo II di Sicilia, il quale - primo a muoversi - inviando una flotta nei mari della Siria, il suo intervento si rivelò abbastanza felice, perchè impedì a Saladino di occupare Tripoli.
Francia e Inghilterra dovevano partire per la Palestina nella primavera del 1189, ma il progettò andò a monte per la improvvisa morte di Enrico II d'Inghilterra. Il figlio e successore Riccardo Cuor di Leone, fu costretto a rinviare la partenza all'anno successivo.
Nel frattempo, l''11 maggio 1189 Federico Barbarossa con un esercito di 100.000 uomini era già partito per l'Oriente preceduto da un'armata tosco-romagnola, capitanata dagli arcivescovi di Pisa e di Ravenna.
L'esercito del Barbarossa prese la via dell'Ungheria; dopo aver attraversato il Bosforo, entrato nel territorio bizantino dovette aprirsi il passo con le armi, per l'alleanza che l'imperatore greco (rovesciando così le alleanze) Angelo Isacco aveva stretto con il Saladino;
Per le violenze e l'arroganza dei nuovi arrivati Bisanzio era stata costretta ripetutamente ad allearsi con i turchi perché si era accorta che la presenza latina le causava più danni che vantaggi. Isacco come aveva fatto prima Commeno, si convinse che invece di aiutarli i crociati era meglio ostacolarli.
Non li aveva apertamente incitati a combattere gli uomini di Barbarossa, ma aveva dato l'ordine di creare una serie di ostacoli lungo il percorso. E di ostacoli l'imperatore ne trovò molti. Del resto i paesi che i centomila soldati attraversavano, diventavano desolati come il passaggio di uno sciame di cavallette.
Queste brutte notizie precedevano il loro arrivo e causarono la fuga degli abitanti lasciando i paesi lungo il percorso senza alcune risorse. cosicchè l'esercito affamato si stava già dirigendo verso Costantinopoli proprio come "cavallette"
Forse Federico intuì il doppio gioco bizantino, e invece di inviare messaggeri a Costantinopoli, scrisse al figlio in Italia, di procurarsi subito una flotta e dirigersi verso la Grecia.
Preso dal panico, Isacco inviò a Barbarossa aiuti e un'ambasceria per riferire che acconsentiva ad approvvigionare l'esercito; poi gli andò perfino incontro con i viveri, e promise pure che appena arrivati sul Mar Nero, era disponibile a trasportarlo via mare in Asia Minore. Così fu, impedendo all'esercito di nemmeno sfiorare la capitale.
ISACCO evitò così, con 14 anni d'anticipo quanto accadrà poi al suo successore: il feroce saccheggio di Costantinopoli, con le "cavallette" della Quarta Crociata.

Messo piede in Asia Minore, Barbarossa espugnò Iconio e, vincendo gli ostacoli del nemico, l'arsura della sete, le fatiche delle marce e il tormento dei calori estivi, oltrepassato il Tauro, puntò verso la Siria. Stava per congiungersi con i Cristiani in Siria quando all'esercito dei crociati tedeschi mancò improvvisamente il capo.
Era il 10 di giugno del 1190, poco dopo mezzogiorno; prendendo un bagno dopo il pasto nel fiume Salef, forse per un malore dovuto ad una congestione o una crisi cardiaca (aveva 68 anni) Barbarossa si accasciò in pochi centimetri d'acqua, e lentamente senza che nessuno si accorgesse del dramma, scivolò via lungo la corrente. " L'acqua - scrisse Athir che era presente - arrivava appena all'anca; l'Imperatore scomparve all'improvviso e quando riemerse a sole poche decine di metri più a valle era già un cadavere che galleggiava".
Il suo già malridotto esercito senza validi condottieri capaci di essere all'altezza di una situazione così disperata, in una zona come abbiamo appena letto così ostile, rimase in balia degli eventi per qualche ora, poi nella confusione si disperse con una massiccia diserzione.
Finiva così in un dramma della fatalità dentro una pozzanghera d'acqua, la imponente spedizione di centomila uomini dell'imperatore tedesco che aveva le intenzioni di conquistare l'Asia, che aveva fatto parlare di sé tutta Europa, che aveva terrorizzato sei volte l'Italia, dominato in Germania, sfidato cinque papa, lottato contro le autonomie locali, assediato cento città, incenerito Milano.
Moriva affogato in un banalissimo rinfrescante pediluvio, l'uomo che voleva coronare la sua carriera con le gesta di Alessandro Magno.

Per la stessa meta finalmente partirono i crociati inglesi e francesi nella primavera del 1191. La città di S. Giovanni d'Acri si arrese il 12 luglio 1191; ma la vittoria venne guastata oltre che dalle gravi perdite delle milizie latine, dalla discordia fra il re di Francia e Riccardo Cuor di Leone. Il primo ripartì il 31 luglio, e lasciò l'altro a combattere con le idee molto confuse.

Clemente a Roma non seppe nulla di questi ultimi avvenimenti in Terrasanta, in marzo dello stesso anno 1191 era già morto. Ed era morto senza aver risolto un altro grosso problema, che dopo di lui diventerà ancora più grande, quando poi (9 giugno) venne a mancare il Barbarossa e la successione passò al figlio Enrico VI.

Ma prima ancora della morte di Clemente e dello stesso Barbarossa, erano nate delle grosse complicazioni fra Papato e Impero. Per raccontarle noi dobbiamo ritornare al Regno Normanno. Pochi mesi dopo la partenza di Barbarossa, il 18 novembre del 1189 moriva GUGLIELMO II "il Buono" a soli 36 anni di età, e 24 di regno; senza prole, lasciando la corona alla normanna Costanza d'Altavilla, andata in moglie al figlio di Barbarossa, appunto ad Enrico VI. Quindi la Sicilia era suo appannaggio anche se il regno, secondo l'ordinamento feudale, ricadeva alla Sede Pontificia.
Enrico avanzò subito queste pretese al Papa ed era così determinato che minacciò di scendere armato in Italia per riprendersi il regno che gli spettava. Ancora più determinato quando - morto il 9 giugno 1190 il padre - Enrico VI gli succedette come imperatore.

Sennonché, nel frattempo spuntò fuori un figlio naturale di Ruggero II, Tancredi di Lecce (ramo illegittimo della dinastia normanna; favorito dal popolo per il timore di una dinastia germanica). Pretendeva lui il regno di Sicilia. Clemente era ancora vivo, e probabilmente fu lui a suggerire (o certamente ad approvare) l'incoronazione di Re Ruggero fatta dall'arcivescovo di Palermo. Indubbiamente a Roma il papa si preoccupava molto di vedere unita la Sicilia normanna all'Impero germanico, e la "carta" giocata con Tancredi anticipava le pretese del tedesco.
Ma il 13 febbraio del 1191 Enrico era già a Bologna e si preparava a scendere su Roma, dove Clemente l'avrebbe incoronato imperatore nel giorno di Pasqua e certamente con lui avrebbe discusso sul regno di Sicilia.
Ma prima di mettersi in viaggio per Roma, Clemente in marzo moriva, liberandosi da quell'increscioso incontro.

L'eredità che lasciò era piuttosto complicata e la situazione inoltre rischiava di precipitare, perchè Enrico VI con il suo esercito stava marciando su Roma. Ne erano ben coscienti i cardinali riuniti a collegio per l'elezione del nuovo pontefice. Infatti il 30 marzo in gran fretta decisero di eleggere il successore di Clemente III nella persona di un vecchio di 85 anni, Giacinto Bobone (Bobo), un romano della famiglia degli Orsini. Fu consacrato il 14 aprile 1191 col nome di Celestino III.