Fu eletto l’ 8 marzo 1088 a Terracina, da un conclave formato da una quarantina di vescovi e prelati e dal prefetto Benedetto, in rappresentanza del popolo, dopo una vacanza di quasi sei mesi dovuta al fatto che la Cattedra di San Pietro era tornata in balia dell’antipapa Clemente III.
Eudes (Oddone) che assunse, appunto, il nome di Urbano II nacque intorno al 1040 a Châtillon-sur-Marne in Francia, da nobile famiglia . Compì i suoi studi a Reims e divenne monaco nell’abbazia di Cluny. Nel 1077 accompagnò l’abate s. Ugo di Cluny a Canossa presso il papa s. Gregorio VII e l’anno successivo venne eletto vescovo di Ostia, succedendo a s. Pier Damiani. Per due volte ebbe l’incarico di Legato pontificio in Germania, nella controversia con l’imperatore Enrico IV.

Dopo l’elezione riuscì però a raggiungere Roma solo nel novembre del 1088 e se pur scortato dall’esercito normanno dovette comunque rimaner confinato entro l’ isola Tiberina, a causa dell’antipapa che ancora imperversava il quale arrivò persino a pronunciargli contro la scomunica in un concilio tenuto in San Pietro nel gennaio 1089. Nell’ aprile dello stesso anno Urbano II rispose a tale provocazione inviando la rinnovata scomunica ad Enrico IV, a Clemente III e a tutti coloro i quali sostenevano quest’ultimo attraverso il vescovo Ghebardo di Costanza.
Nel frattempo Enrico IV si era rafforzato ed aveva ormai l’adesione di quasi tutto il clero germanico, pertanto, incollerito nei confronti del pontefice mosse il suo esercito verso l’Italia dove riuscì a vincere le prime battaglie e ad entrare a Mantova per poi perdere definitivamente la guerra negli scontri prima, con l’esercito di Matilde di Canossa e poi, con quello formato dalla lega dei comuni lombardi ( Milano, Cremona Lodi e Piacenza). E mentre Enrico IV si dovette ritirare prima a Verona e poi in Germania, Urbano II potè celebrare la Pasqua del 1094 in Laterano, potuto riottenere grazie ad una somma di denaro offertagli da Goffredo abate di Vendome il quale fu accompagnato a Roma dall’esercito di Ugo de Vermandois costringendo Clemente III a rinchiudersi in Castel Sant’Angelo.

Subito dopo però Urbano II partì per il suo ministero apostolico fuori Roma; si recò a Pisa, a Pistoia, a Firenze ed a Cremona; nel marzo 1095 indisse un Concilio generale a Piacenza, che fu tenuto all’aperto, visto la partecipazione di 4.000 chierici e 30.000 laici; furono promulgati dei decreti pontifici, con i quali Urbano II dichiarò di non riconoscere le ordinazioni simoniache, cioè comprate e quelle ricevute da vescovi scismatici, rinnovò le condanne delle eresie, scomunicò l’antipapa e i suoi fautori. Nei primi tempi del suo pontificato, Urbano II si dimostrò indulgente con vescovi e principi, ad esempio concesse il pallio arcivescovile ad Anselmo vescovo di Milano e consacrò Ivo di Chartres, tutti e due eletti dall’imperatore; ma dopo aver consolidato la sua carica, combatté tutte le ingerenze dei laici nelle cose ecclesiastiche.

Mediò sulle dispute fra Guglielmo il Rosso d’Inghilterra e s. Anselmo di Canterbury; scomunicò Filippo I di Francia per le sue vicende matrimoniali. D’altra parte ebbe il sostegno di Alfonso VI di Castiglia, che stava liberando la Spagna dalla dominazione dei Mori.
Nell’agosto 1095 si trasferì in Francia, dove da Le Puy emanò una Bolla per convocare un Concilio a Clermont nell’anno successivo. In detto Concilio vennero di nuovo condannate le investiture laiche e scomunicato il vescovo di Cambrai perché l’aveva accettata dall’imperatore.
Papa Urbano istituì la “tregua di Dio” cioè una breve pausa tra le battaglie per seppellire i morti; poi sulla pubblica piazza di Clermont, proclamò la “PRIMA CROCIATA” per la liberazione dei luoghi santi, provocando un grande entusiasmo e organizzandola personalmente, nominò come capo il vescovo di Le Puy Ademaro di Monteil e il duca Raimondo di Tolosa; incitò principi e fedeli a prendere la croce, trattò con i Genovesi per le navi.“Deus vult” : Appello alla cristianità di Urbano II (27 novembre 1095 - Concilio di Clermont d'Auvergne)"...E' impellente che vi affrettiate a marciare in soccorso dei vostri fratelli che abitano in Oriente... I Turchi e gli Arabi si sono scagliati contro di loro e hanno invaso le frontiere della Romania (Impero bizantino) fino al luogo del Mar Mediterraneo detto Braccio di S.Giorgio (stretto dei Dardanelli)... Hanno messo a soqquadro tutte le chiese e devastato tutti i paesi sottoposti alla dominazione cristiana...
A coloro che, partiti per questa guerra santa, perderanno la vita sia durante il percorso di terra, sia attraversando il mare, sia combattendo gli idolatri, saranno rimessi per questo stesso fatto tutti i peccati...
Niente dunque ritardi la partenza di quanti parteciperanno a questa spedizione: diano in affitto le terre, raccolgano tutto il denaro necessario al loro mantenimento e non appena l'inverno sarà finito e cederà alla primavera, si mettano in cammino sotto la guida del Signore..." (Testo riportato da Fulcherio di Chartres).
Inizio della crociata (15 agosto 1096)
"...Quelli tra voi che sono ispirati da Dio a fare questo voto sappiano che potranno unirsi con i loro uomini alla partenza fissata, con l'aiuto di Dio, per il giorno della Beata Vergine..." (da una lettera di Urbano II al principe di Fiandra).
L’esito della Crociata portò alla conquista di Gerusalemme il 15 luglio 1099, anche se con numerose perdite umane, ma il papa non lo seppe perché morì a Roma il 29 dello stesso luglio 1099. Urbano II fu sepolto nella cripta di San Pietro, accanto ad Adriano I. Considerato il gran seguito che ebbe in Francia il pontefice fu beatificato ed il suo culto fu riconfermato il 14 luglio 1881, la sua festa si celebra il 29 luglio.In Medioriente nel frattempo avevano preso piede le dinastie ottomane e la prima fu quella selyùcida di Konya (Turchia): SÜLEYMAN I Jutalmisoglu Nàrcsiruddevle Ebu’l-Fevàrcris Gazi (1077-1086)KILIÇ-ARSLAN I Kilids Arslan (1092-1107)
Nel 1066 ebbe inizio la guerra marinara fra Genova e Pisa. I Genovesi offesi per le troppe conquiste pisane in Corsica e in Sardegna incominciarono a dare guerra ai navigli pisani. Poichè bande corsare scorazzavano sempre lungo le coste tirreniche, il Papa Vittore III invitò le due Repubbliche marinare a combattere insieme contro questi nemici.
Le due città si unirono e vinsero definitivamente i nemici.
Nell'anno 1089 Papa Urbano II concesse ai Pisani ed al loro Vescovo l'isola della Corsica ed innalzò il Vescovado di Pisa ad Arcivescovado.
Nel 1099 i Pisani parteciparono largamente alla Guerra Santa compiendo notevoli atti di valore.
Altre conquiste sia pisane che genovesi seguirono e le due città acquistarono sempre più potenza e ricchezza.
Furono così riconquistate le coste della Siria e le isole Baleari.
Amalfi fu la più antica delle repubbliche marinare. Essa aveva fatto parte del dominio bizantino, ma verso la metà del secolo IX, quando, a causa dei continui attacchi dei Musulmani, dovette provvedere con mezzi propri alla sua difesa, ed acquistò piena autonomia politica.
A capo dello Stato era il Duca, eletto dai cittadini nel pubblico parlamento o arengo.
Amalfi combatté ripetutamente contro i Musulmani. Si deve ricordare al riguardo, la famosa vittoria di Osti (849), quando una potente flotta di Musulmani, che minacciava Roma, fu quasi distrutta. Nel complesso, tuttavia, Amalfi cercò di vivere in pace con i turchi per i suoi traffici commerciali. Aveva colonie fiorentissime a Costantinopoli, in Siria, in Egitto, sulle coste dell'Africa, e poiché queste colonie erano già in decadenza all'epoca delle Crociate, non poté, come le altre repubbliche marinare, prendere parte attiva alle stesse e trarne vantaggio.
Amalfi è inoltre famosa per le sue Tavole Amalfitane del sec. XII, una specie di codice mercantile e marittimo, che rimase in vigore per secoli in quasi tutto il Mediterraneo.
Tuttavia la potenza di Amalfi durò poco: oppressa dai Normanni (1076), vinta e saccheggiata dalla rivale Pisa (1135), cessò praticamente di esistere nei primi anni del secolo XI.
A Venezia si succedettero due dogi : VITALE FALIER - Dodoni (1084-1095) e VITALE I MICHIEL (1095-1102) ambedue ufficialmente non impegnati nella prima crociata!