Egli fu consacrato papa verso il 2 aprile del 999.
Nacque a Belliac di Alvernia ( cittadina della Sassonia francese) tra il 940 ed il 945 d.c. con il nome di Gerberto
In età pubertale fu consegnato alla vita monacale, probabilmente nel 952, presso l' abbazia di Aurillac.
Appassionato alla religiosità ma soprattutto alla teologia inseguì, fin dalla giovinezza, la consapevolezza che il genere umano fosse imprescindibile dalla dipendenza da Dio, chiunque questo fosse.
Tant'è vero che abbandonato il monastero di Aurillac, non andò per altri lidi ma, si rifugiò in Catalogna a Vich (cittadina viciniori a Barcellona di Spagna) presso la scuola di Attone, monaco teologo ed evangelista, dove imparò a conoscere anche l'islamismo, i suoi segreti, l'arte della magia nella sua più alta raffigurazione.
Le leggende sulle sue stupefacenti doti di mago ed indovino non si possono numerare, tanti furono i sortilegi fatti fino a rasentare l'apostasia.

Filosofo colto, Gerberto si trovava, dopo molte peripezie, alla corte di Ottone III quale consigliere dell'imperatore stesso quando il suo predecessore passò a miglior vita.
Non fu quindi difficile per lui seguire l' esercito di Ottone fino a Roma né fu difficile all'imperatore far ritirare la scomunica che pendeva sul futuro papa.

Dopo l' elezione di Gerberto- Silvestro II l'imperatore si ritirò sull'Aventino volendo comunque attuare una stretta azione di controllo sulla Chiesa Romana per ritornar egli stesso sovrano temporale e religioso in una sorta di " renovatio imperii romanorum" .

L'anno 1000 segnò la svolta definitiva di quel periodo, durante il quale fortunatamente non avvenne la fine del mondo, anche se all'interno della Chiesa stessa una sorta di cataclisma avvenne. Infatti Ottone III ripugnò tutte le donazioni e lasciti da Costantino in poi per lasciare al pontefice altri territori e prebende in una sorta di "spogliazione" simbolica (renovatio).
Durante il pontificato di Silvestro II avvennero inoltre altri significativi mutamenti negli assetti politici. Prima di tutto il riconoscimento, da parte imperiale, del titolo reale al duca magiaro Waik, per i territori di Polonia ed Ungheria ormai tutti cristianizzati.
Ma soprattutto un'ulteriore rivolta delle popolazioni italiche che costrinsero l'imperatore ed il papa a ritirarsi prima a Roma e poi a Ravenna. Era il febbraio del 1001.
Il 23 febbraio del 1002 Ottone III morì e fu sepolto accanto a Carlo Magno ad Acquisgrana.
Nel caos dovuto alla morte dell' imperatore Arduino d'Ivrea si autoproclamò re d'Italia, mentre si autoproclamava imperatore Enrico II di Baviera.

Silvestro II non sopravvisse a lungo al suo nume tutelare e si spense il 12 maggio 1003... non senza lasciare dietro di se la leggenda che egli stesso, in qualità di mago, avesse precognizato la data della sua morte fino a stabilire come avesse dovuto avvenire il suo funerale ed il suo luogo di sepoltura.
La bara fu posta su di un carro trainato da buoi e deposta nell'atrio del Laterano.
Altri storici sostengono invece che Silvestro II sia stato assassinato.
A conferma o a smentita di tutte le leggende tramandate il fatto più significativo accadde nel 1684 quando fu riaperto il sarcofago: il cadavere apparve come appena inumato, vestito di tutti i paramenti e la tiara in capo solo per pochi istanti perchè al contatto con l'aria tutto andò perduto rilasciando gli odori usati per l'imbalsamazione!