Anch'egli romano di nascita, Agapito II fu consacrato il 10 maggio 946, mentre si ignora quale sia stata la sua diocesi di provenienza.
Egli regnò degnamente per dieci anni riuscendo a porre fine al periodo di profonde umiliazioni inflitte ai pontefici e a Roma, infatti i mutamenti europei ed italiani intervenuti tra le case regnanti gli consentirono di far timidamente riemergere la centralità della figura papale.
Alla morte di Ugo di Provenza la corona di re d'Italia passò al figlio Lotario posto sotto tutela Berengario II, marchese d'Ivrea il quale gli succedette alla sua "repentina" morte, avvenuta nel 950, mentre la vedova Adelaide fu imprigionata in un castello sul lago di Garda.
Adelaide, poco propensa alla prigionia ed intenzionata a vendicare la morte del marito inviò una proposta di matrimonio ad Ottone di Sassonia, re di Germania.
Nel 951 Ottone scese in Italia, sconfisse Berengario II , sposò Adelaide e cinse la corona di re d'Italia ed inviò richiesta di essere consacrato imperatore ad Agapito.
Gli ambasciatori di Ottone furono però intercettati dalle truppe di Alberico, il quale insediatosi ormai a Roma fece porre un netto rifiuto.
Nel frattempo i confini della Sassonia furono invasi dagli ungari ed Ottone fu costretto a rientrare in Germania.

il 3 agosto 954 morì Alberico II ed in dicembre lo seguì Agapito, il quale fu sepolto in San Giovanni in Laterano.

A Bagdad si insediò Al Fadl al Muti (946-974) il quale nel 965 fondò la prima università di medicina.