Del suo pontificato fu tramandato ben poco, anche perchè fra la morte del suo predecessore, avvenuta nel novembre dell'anno 897, l' elezione e la sua stessa morte, trascorsero solo venti giorni.
La leggenda attribuisce la sua nascita in quel di Roma, ma non fu mai un dato certo, così come non fu certa la sua sepoltura, collocata in San Pietro e così come ad egli fu attribuito il rinvenimento delle spoglie di papa Formoso, sulle rive del Tevere e la loro dignitosa sepoltura sempre a San Pietro.
Teodoro II assunse lo stesso nome dell' omonimo antipapa del (697).