Dopo l' esilio dell'imperatore Giustiniano II, l'insediamento di Leonzio, la defenestrazione di quest'ultimo e l'incoronazione Tiberio Apsimaro fu eletto anche il sostituto di San Sergio: il 30 ottobre del 701 fu consacrato papa il vescovo Giovanni VI di origini greche.
Ancora una volta l'impero d'oriente tentò di ostacolare l'indipendenza romano-cristiana. L'imperatore stizzito dall' autonomia pontificale ordinò all'esercito bizantino, di stanza in Trinacria (Sicilia), di dirigere su Roma.
L' assedio di Roma fu condotto dal "protosavasta" (condottiero) Teofilatto, il quale travolto dalle sommosse popolari finì per doversi inchinare alle volontà pontificali fino a chiedere la protezione e la benevolenza di Giovanni VI stesso.
In effetti, non furono solo le sommosse popolari a vincere l'esercito di Bisanzio, quanto piuttosto l'esercito longobardo che dopo aver invaso l'attuale Campania, sotto la guida di Gisulfo da Benevento aveva in pratica tagliato i collegamenti a sud e a nord della capitale.
Un grave errore fu commesso da Giovanni VI, sul piano politico: la volontà di sostituirsi o sovrapporsi all'esarca o pentarca di allora.
Infatti, oltre ad aver concesso la protezione a Teofilatto sborsò molti denari o alienò molti territori per la "pax" del longobardo Gisulfo, tra l' altro ormai cattolico convinto e strenuo sostenitore antibizantino. Il pontefice lasciò così inevitabilmente il campo e le controversie ancora aperte tra oriente ed occidente.

Giovanni VI si spense l' 11 gennaio del 705 e fu sepolto nel sagrato di San Pietro.