Nuova diatriba tra i cristiani nell'elezione del proprio pontefice. Nel palazzo del Laterano si insediarono due fazioni contrapposte, una indicata dall'esarca di Ravenna e l' altra autonomamente costituitasi sulle indicazioni del clero romano.
Mentre la prima indicava l' arcidiacono Pasquale, la seconda promulgava l'arciprete Teodoro.
Tra le due contrapposizioni fu eletto un terzo: il "presbitero" ( nda: futura carica ad indicare i cardinali) Sergio, di famiglia siriana residente in Palermo.
Il 15 settembre del 687 , dopo aver frequentato la "schola cantorum" di Palermo, dopo aver inseguito la teologia pura e dopo aver lasciato ad altri la custodia della chiesa di Santa Susanna, Sergio fu consacrato papa nella cattedrale di San Pietro in Roma.
Nell’anno 688 arrivò a Roma dalla Britannia il re pagano Ceadwalla, sovrano del Wessex chiedendo di diventare cristiano. Il Battesimo fu impartito dal nuovo papa il quale gli impose il nome di Pietro nella basilica del Laterano.

Una delle questioni teologiche con la quale si dovette confrontare il nuovo papa fu sicuramente una nuova eresia intrinseca ( nda: per meglio dire una nuova corruzione) ovvero la "simonia", che si manifestava attraverso l' acquisto di "qualcosa" , probabilmente amuleti di origine pagana ( nda: o presunte reliquie di santi) , piuttosto che altro, in favore dell'eternità della propria anima.
La prima persona a subire le conseguenze dell' "anti -simonia" fu l'arcidiacono Pasquale , il quale fu deposto e rinchiuso in un monastero, dove morì nel 692.
L'autorevolezza di questo papa portò la "cattedra di San Pietro" alla dignità di una qualsiasi altra monarchia dell'epoca.
L'egemonia cristiana in territorio italico finì però col rinfocolare antiche ruggini tra l'impero d'oriente ed il popolo romano.
Giustiniano II, impensierito dal potere che stava nuovamente assumendo Roma, non tardò a farsi sentire, tramite la convocazione di un nuovo concilio ecumenico a Costantinopoli, rinnovando così la volontà imperiale di imporre anche la volontà teologica.
Il concilio fu riunito nel 691 e tenuto nel Quinisextum la stessa sala del palazzo imperiale che nel 680 era stata definita Trullus. Papa Sergio I non fu invitato ed in pratica furono riuniti solamente alcuni vescovi orientali favorevoli ai nuovi fervori imperiali.
L'esito del concilio fu la promulgazione di 102 decreti, prontamente inviati a Roma per l' approvazione papale.
Il più importante di questi fu senz'altro il decreto mediante il quale l'imperatore attribuì le stesse prerogative papali e romane al seggio di Costantinopoli.
Sergio I rifiutò di firmare gli editti, avendo capito che le fortune dell'impero orientale stavano vacillando.
Forse, l'imperatore Costantino II non stava aspettando che questo per inviare l'esercito di Ravenna capitanato dal "Pentarca e protospatario" Zaccaria (nda: per le definizioni vedi i "dogi" di cronologia e la riduzione dell'esarcato in conseguenza all'indipendenza del popolo venetico).
La leggenda vuole che l'esercito ravennate sia arrivato a Roma in pieno assetto di guerra ma che gli stessi armigeri si siano uniti invece agli insorti romani. Questo fu sufficiente al feroce Zaccaria per chiedere venia al pontefice che lo preservò dal linciaggio ospitandolo nelle stanze del proprio palazzo in Laterano.
La sconfitta di Zaccaria ebbe grandissimo eco e gravissime ripercussioni sullo stesso imperatore che fu detronizzato dal generale Leonzio, mutilato di naso ed orecchie nella pubblica arena ed esiliato nel Chersoneso (penisola della Malacca greca).
Roma, con il suo pontefice era finalmente riuscita a riscattare la propria indipendenza dall'impero d'oriente e soprattutto dalle mire di ingerenza teologale.

In occidente, fino ai limiti della laguna veneta stavano nel frattempo imperversando i franchi "merovingi" che si stavano autonomamente polverizzando in mille rivoli dovuti alla propria cultura tribale e che sarà quella a dar vita appunto, a mille vassalli, valvassini e valvassori.
La grande capacità di Sergio I fu sicuramente quella di aver saputo capire le debolezze di questi "vasi di coccio" e di essere riuscito invece a costruire quel grande "vaso metallico" rappresentato dalla fede cristiana dell'epoca.
Tra una crisi e l'altra riuscì inoltre ad arricchire i templi cristiani di Roma da Santa Susanna a San Pietro dove fece erigere un nuovo monumento funebre a San Leone Magno, le cui spoglie furono traslate dal sagrato in basilica.
Sergio I si spense il giorno 8 settembre del 701 e fu sepolto a San Pietro al canto dell' "Agnus Dei" da lui stesso composto. Quale santo viene onorato nel giorno della sua morte.