Nacque ad Antiochia (nda: nell' odierna Turchia ai confini con la Siria, allora impero di Bisanzio.), già nunzio apostolico di Santa Romana Chiesa, Giovanni salì al soglio pontificio il 23 luglio del 685, mentre l'impero romano d'oriente si stava via via frantumando come un vaso di coccio tra vasi di bronzo.
Giovanni V diede inizio ad una sequela di pontificati brevissimi così come sarà per gli imperatori orientali ed occidentali e così come si avviò il dogato veneziano, uniche vere realtà politiche.

Quali siano state le cause ad innescare certi comportamenti umani nessuno lo può dire con certezza. Si possono solo azzardare delle congetture anche perchè gli studi iniziarono solamente decine di secoli dopo, una di queste potrebbe essere una miriade di concause anche eclatanti, ma molto più spesso infinitesimamente piccole, non a caso il Medio Evo è sempre stato considerato uno dei periodi più bui della storia umana.

Sicuramente due concause molto importanti furono un eccessivo incremento demografico in conseguenza ai dettami cristiani e quindi una continua volontà di accaparramento nei ceti più alti così come in quelli medi, mentre ai più poveri non rimaneva sempre e solo che lavorare.
(nda: basti pensare che la popolazione conosciuta, al tempo dei greci fu stimata in qualche centinaia di migliaia di individui. Al tempo dei romani in qualche decina di milioni, mentre nell'epoca medievale si passò fin da subito a qualche centinaio di milioni.)

Giovanni V morì il 2 agosto del 686 e fu sepolto a San Pietro.

Il nuovo imperatore Giustiniano II, succeduto al padre Costantino IV Pagonato al nuovo papa scrisse una missiva appellandolo "universalis papa". La missiva fu consegnata l'anno successivo al suo successore Conone.

Dal punto di vista islamico, Califfo di Omeyas (Damasco) iniziò il suo impero Abd El Malik (685-705).