Dopo undici mesi dalla morte del suo predecessore, il 26 giugno del 684 fu eletto Benedetto II di famiglia romana e presule in Roma stessa.
Il suo pontificato durò circa dieci mesi e non fece storia se non per il fatto che l' imperatore Costantino IV rinunciò alla conferma della nomina papale demandandola nuovamente all'esarca di Ravenna.
Il rinnovato patto di alleanza fu contrassegnato dalla "Cresima" di Giustiniano ed Eraclio, figli dell'imperatore, "adottati a distanza" dal pontefice il quale ricevette in cambio due ciocche dei capelli degli stessi bambini.
Il pontefice spirò l' 8 maggio del 685 e le sue spoglie furono tumulate a San Pietro.
San Benedetto II viene ricordato l' 8 maggio.

Nel frattempo ad oriente la religione islamica con i califfati stava sovrapponendosi e sostituendo la religione cristiana e l'egemonia dell'impero romano d'oriente. In quel periodo a Costantino IV e quindi a Benedetto II si contrappose il califfato di Damasco sotto l'egida Marwàn I.