La delegazione occidentale, inviata da Sant' Agatone ritornò a Roma solo nel luglio del 682 , pertanto la sede pontificale rimase scoperta per quasi 18 mesi.
Il ritardo fu artatamente provocato dallo stesso imperatore che volle assicurarsi la fine definitiva di ogni contestazione teologica.
Leone fu proclamato papa il 17 agosto del 682. Nativo della Trinacria, probabilmente di Messina o di Piazza Armerina, egli fu probabilmente il vescovo di San Giovanni in Laterano e direttore della Schola cantorum da egli stesso ideata.
Il suo pontificato fu tutto teso a mantenere in piedi l'impianto dell' ultimo sinodo di Costantinopoli. (nda: diversamente definito come il VI concilio, senza considerare che un concilio non può essere presieduto da una persona diversa dal papa stesso.)
Nel mentre istituì il bacio della pace nella formula liturgica e l'aspersione dell'acqua benedetta, oltre a riuscir a restaurare la chiesa di Santa Bibiana e quella di San Giorgio al Velabrum ( Velabrum = pantano).
Leone II morì il 3 luglio del 683 e fu sepolto a San Pietro. Durante il regno di Paolo V le sue spoglie furono traslate nella nuova basilica sotto l'altare della Madonna della Colonna.