Di origini palermitane fu consacrato il 26 giugno del 678, la leggenda vuole che avesse 103 anni.
Dopo soli due mesi (forse il 12 agosto) ricevette una missiva imperiale nella quale, Costantino Pagonato dichiarò di aver ultimato le operazioni militari contro i saraceni, rimettendo alla volontà del pontefice la propria disponibilità a mediare le questioni teologali tra la Chiesa d'oriente e quella d'occidente.
Invitò il papa ad inviare a Costantinopoli una delegazione costituita dai dodici metropoliti romani, tre nunzi e quattro monaci per confrontarsi con il patriarca di Bisanzio ed i metropoliti orientali.
Il 27 marzo 680, Agatone convocò il sinodo in San Giovanni il Laterano, il quale scelse la propria delegazione ed al quale fu successivamente consegnato il testo della dottrina cristiana secondo Roma ed il suo pontefice (che in buona sostanza riprendeva i dogmi di San Martino e del precedente concilio Lateranense).
La delegazione romana giunse a Bisanzio il 10 settembre del 680, accolta dal patriarca Giorgio e dalla delegazione orientale.
Il 7 novembre in una delle sale del palazzo imperiale definita "trullus" (nda: dal greco Troullos = a forma di cupola) fu tenuta la prima seduta di quella "conferenza" . Il sinodo o conferenza terminò dopo 18 sedute e si concluse con la proclamazione di un editto il 16 settembre 681.
L'editto determinò definitivamente la duplice persona di Dio padre e Dio figlio in Cristo, sconfessando le dottrine monofisiste e monotelitiche e determinò inoltre la fine di ogni tributo all'impero d'oriente.

La leggenda vuole che sulla pubblica piazza sia stata bruciata la lettera di Onorio I, indirizzata al patriarca Sergio nella quale invece si esprimeva indulgenza nei confronti degli eretici ( rimarrà comunque sempre un'arma valida contro i sostenitori dell'infallibilità del papa).
Lo scritto con le conclusioni del sinodo giunse a Roma dopo il trapasso di Agatone che spirò alla veneranda età di 107 anni, il 10 gennaio del 681.
Sant' Agatone viene ricordato nella ricorrenza della sua morte.