Nato da famiglia di origine greca, il padre fu vescovo di Gerusalemme. La sua elezione fu espressamente voluta dall'esarca Isacco e la sua consacrazione avvenne il 24 novembre del 642.
Nel frattempo Pirro, cosmopolita di Bisanzio fu costretto all'esilio e con lui l'eresia monotelita infatti Costante II, succeduto a Costantino III fu più propenso alla teologia della Chiesa romana, piuttosto che a quelle della Chiesa orientale ed il patriarcato, in virtù dei poteri imperiali fu assegnato al vescovo Paolo.
Pirro però non si diede per vinto e tentò in un primo momento di convincere il pontefice, durante una sua visita a Roma, tanto che Teodoro I chiese spiegazioni dell'esilio del ex patriarca al nuovo patriarca Paolo.
Ma le comunicazioni del tempo seppur lente, travalicarono anche il temporeggiamento cosichè l'impaziente Pirro decise di recarsi direttamente dall'esarca di Ravenna.
Teodoro I capì allora l'inghippo e dopo aver convocato un concilio in San Pietro fece scomunicare sia Pirro che Paolo il quale, diversamente da come si era presentato all'imperatore, quale sostenitore della teologia cattolica stava invece propagandando la fede monotelista.

Le diverse opinioni in tema teologico fecero sicuramente "tremare i polsi" all' imperatore ed al suo esarca Isacco di Ravenna anche perchè ad approfittare della situazione fu proprio Rotari , re dei longobardi il quale, nel 643 promulgò l' editto ( nda: detto appunto di Rotari) che definì l'assetto politico della penisola italica. L'impero d'oriente non trovò di meglio che condannare e ritirare il famoso editto dell' ectesi , sostituendolo però in maniera bizantina con un altro editto definito Typus . Quest'ultimo atto, in buona sostanza, se da una parte abiurava il precedente, dall'altra impediva il papa ad esprimere una propria opinione in materia teologica che dissentisse dal volere imperiale.
In altri termini: " la toppa fu peggiore della lacerazione".
Teodoro però non vide la promulgazione di quest'ultimo editto, si spense il 14 maggio del 649 e fu sepolto in San Pietro.