Figlio dello scolastico ( nda: insegnante. In particolar modo della dottrina di Cristo) e dalmata Venanzio. Egli stesso diacono cattolico, fu consacrato pontefice il 24 dicembre del 640.
Finalmente, dopo quasi cinque mesi di vacatio la cattedra del "vescovo di Roma" fu nuovamente occupata.
Infatti, l'imperatore Eraclio dopo aver ricondotto a se stesso l' assenso alla nomina papale se ne guardò bene dal dissentire sulle decisioni di Roma, anche perchè nel frattempo Sergio, patriarca di Bisanzio e fautore dell' ectesi promulgata dallo stesso imperatore era morto. Il suo successore Pirro tentò quella stessa strada ma probabilmente non ebbe lo stesso carisma del suo predecessore.
In effetti Eraclio, imperatore d' oriente, lasciò cadere nel nulla il suo editto che imponeva la nuova eresia monotelita, con la conseguente sconfessione di Pirro.
Alla morte di Eraclio, il trono successe a Eraclio II che dopo pochi mesi fu assassinato ( 641), così come accadde a Costantino III, anch'egli assassinato dopo poche settimane dal suo insediamento. Infine il trono sempre tra il 641 ed 642 passò a Costante II. Quest'ultimo imperatore consapevole dell' inutilità delle lotte intestine tra società appartenenti alla stessa fede, letti gli accorati appelli di Giovanni IV, fece ritirare l'editto dell' ectesi.
Ma Giovanni IV, oltre ad essere stato attento agli argini dell' ortodossia cattolica promosse l' evangelizzazione dei popoli slavi e dalmati.
A Salona, cittadina a circa 5 km da Spalato, probabilmente sua cittadina natale, ancor oggi si possono ammirare i mosaici di San Venanzio e nel catino della cappella di San Giovanni la raffigurazione dei papi Giovanni IV e del suo Successore Teodoro I che ultimò i lavori.
I longobardi, in quel periodo non diedero più di tante preoccupazioni all' urbe, anche se sulle rive del fiume Scoltenna , odierno Panaro morirono circa ottomila soldati greci, ingaggiati dall'esarca di Ravenna.
Giovanni IV morì il 12 ottobre del 642 e fu sepolto nel cimitero di San Pietro.