Bonifacio salì al soglio pontificio il 19 febbraio del 607, dopo aver atteso il benestare di Bisanzio per ben un anno dopo la morte del suo predecessore.
Nato a Roma da famiglia greca ( il padre si chiamava Giovanni Kataandiokes (nda: ovvero proveniente da Hatakolon oppure da Kalamata).
Durante la sua vita episcopale ricoperse diversi incarichi di grande prestigio quali apocrisiario, sempre presso nunziature di grande importanza quali Antiochia, Corinto, Ajaccio di Corsica ed in fine a Costantinopoli presso la sede dell'impero bizantino, dove a quel tempo regnò l'imperatore Foca.
La tradizione vuole che il ritardo nella conferma della nomina,da parte dell' imperatore, non fosse stata dovuta ad una sorta di mancata stima nei confronti dell'eletto, anzi fu purtroppo determinata da disguidi in ordine alle comunicazioni dell'epoca e degli intralci, per così dire di tipo bizantino.
Tanto è vero che a conferma della stima per l' arcidiacono Bonifacio , l' imperatore Foca accompagnò l'elezione con un editto mediante il quale dichiarò che: "... la Chiesa di San Pietro è da considerarsi la prima tra tutte le Chiese e dovrà essere considerato priva di alcun fondamento la pretesa di primato da parte della Chiesa con sede a Costantinopoli".
D'altro canto, la stessa tradizione vuole che l'imperatore Foca fosse in netto contrasto con il patriarca bizantino Ciriaco e non che ne avesse timore dal punto di vista militare ma, Roma poteva sempre rimanere una fonte di riferimento spirituale nella quale poter lavare la propria coscienza.
Bonifacio III, comunque, non ebbe molto tempo a disposizione dopo la sua consacrazione per rendersi di come stessero effettivamente le cose perchè nemmeno dopo nove mesi morì.
Il 12 novembre del 607 fu sepolto in San Pietro.