Nato a Blera ( nella Tuscia - odierna Toscana e provincia di Viterbo- anticamente Blera , poi Bieva ed infine nuovamente Blera). Dopo essere stato diacono, fu nunzio apostolico di Gregorio Magno a Costantinopoli (595) quando, ancora una volta il patriarca di Aquileia tentò di autoproclamarsi "patriarca ecumenico". La mancata trasmissione degli atti di quella nuova presa di posizione che poteva solo far intravvedere un nuovo tentativo scismatico provocò, in Gregorio una reazione molto dura che si concluse con una reprimenda ed il rientro a Roma del futuro pontefice.
Dopo la morte di Gregorio Magno fu comunque Sabiniano a salire il soglio pontificio, anche per i buoni auspici della corte imperiale di Bisanzio la quale fece pervenire la sua conferma il 13 settembre del 604 dopo sei mesi di vacatio.

Il suo pontificato, anche se di breve durata, non fu ricordato come un fulgido esempio di carità cristiana, forse proprio per la diversità di vedute con il suo predecessore.
Di fronte alle malattie ed alla carestia che continuò ad imperversare, diversamente da Gregorio, fece aprire i pontifici granai ma solo a pagamento.
A nulla valsero le proteste e le piccole ribellioni popolari che furono respinte in maniera mlitaresca.
L' odio per il suo predecessore e la gelosia lo fece dire che "Gregorio, pur di farsi lodare, avrebbe sfamato il mondo intero!"
Sabiniano, al di là della leggenda che lo vorrebbe defunto in seguito alle percosse somministrategli con il pastorale, dallo stesso Gregorio apparsogli in sogno, morì effettivamente di morte violenta il 22 febbraio del 606 ma, in conseguenza ad una insurrezione popolare.
Le spoglie riuscirono ad essere deposte nel sagrato di San Pietro dopo una lunga peripezia che vide il corpo trasportato da San Giovanni in Laterano, attraverso vicoli nascosti lungo le mura di porta San Giovanni ed attraverso ponte Milvio.