Sembra fosse imparentato con San Gregorio Magno e con San Felice IV. Egli stesso figlio del prete Giordano rettore della chiesa dei SS. Giovanni e Paolo sul Celio di Roma, il quale fu ricordato per essere stato trucidato durante lo scisma, in quanto seguace di Simmaco.
Agapito fu consacrato il 13 maggio del 535.
Il suo regno durò poco più di undici mesi ma pur non essendo stato artefice di grandi eventi, grandi eventi si svolsero in quei pochi mesi.
L'imperatore d' oriente Giustiniano riuscì a conquistare la rimanente parte del medio oriente e gran parte dell' Africa nord orientale, già regno dei goti.
Amalasunta, madre di Atalarico fu fatta assassinare (mediante strangolamento) da Teodato (principe ostrogoto, figlio Amalafreda, sorella di Teodorico) che diede così il pretesto a Giustiniano, di inviare il suo generale Belisario per dirimere le questioni, il quale dopo essere sbarcato e conquistato la Sicilia diresse le sue orde verso Napoli e da li si preparò a sferrare l'attacco finale a Roma che avrebbe inizialmente dovuto essere assediata.
Teodato non essendo preparato militarmente per le grandi battaglie riuscì però a costringere il pontefice, usando la "longa manus" imperiale, ad intraprendere un duro viaggio verso Bisanzio, al fine di riuscire a convincere l' imperatore a desistere dalla sua impresa.
Agapito si sottomise e non avendo fondi per affrontare il viaggio impegnò alcuni arredi della basilica di San Pietro.
Giunto a Costantinopoli, Agapito fu accolto con tutti gli onori ma non riuscì a far desistere Giustiniano dai propositi di riconquista della penisola italica.
Durante il suo brevissimo soggiorno a Costantinopoli però una cosa riuscì a rimediare: un' ulteriore sconfitta all'eresia monofisista, riuscendo a far allontanare il patriarca Antimo ( protetto dall'imperatrice Teodora) a favore dell'insediamento del patriarca Menas, di radice cattolico-romana.
Agapito, dopo le fatiche del viaggio si ammalò gravemente fino all'estrema conseguenza che accadde il 22 aprile del 536.
I suoi funerali furono volutamente di estrema sontuosità e la sua salma fu traslata a Roma per essere sepolta nel sagrato di San Pietro.
Agapito ( dal greco agapitos = amato, amabile) fu proclamato Santo e festeggiato il 28 aprile.