Già consacrato dal suo predecessore con il conferimento del proprio "pallio" (nda: letteralmente mantello, che nel medioevo si trasformerà in sinonimo di stendardo), l'arcidacono Bonifacio II, nativo di Roma fu eletto il 22 settembre del 530, ovvero lo stesso giorno della morte di San Felice IV, suo predecessore.
L'elezione avvenne nella basilica di San Giovanni in Laterano, ancora una volta in una sorta di frenesia contro il tempo, perchè nella basilica Giulia ( altrimenti detta di Costantino) si stava tentando un'ulteriore scisma con l'elezione di un papa diverso e contrapposto: il presule Dioscuro, di origini greche.
Il pontificato di Bonifacio fu molto breve e pochi furono gli atti e le notizie tramandate sul suo pontificato.
Sono state fatte solo alcune congetture sulle trame che avrebbero potuto portare allo scisma ed al decadimento dello stesso pontefice, tra le quali la sobillazione da parte del Senato romano, molto più favorevole a Costantinopoli piuttosto che a Ravenna.
A dirimere alcune questioni ci furono però sicuramente gli eventi ed il corso della natura.
Dioscuro morì quasi subito dopo la sua elezione contrapposta ed i chierici e laici chiamati alla sua stessa elezione fecero ben presto ammenda, sottoscrivendo gli atti del concilio di "Simmaco", secondo i quali appunto, il pontefice aveva diritto di nomina sul suo successore.
Subito dopo lo seguì Bonifacio II, il quale lasciò le terrene incombenze il 17 ottobre del 532 e le sue spoglie furono deposte nel sagrato di San Pietro.
Il nome di Bonifacio II non figura nè sul Martirologio Romano nè sul Calendario Universale. La Santità è riferita in particolar modo e per quanto riguardi il nome di un pontefice a San Bonifacio IV.