La sua consacrazione avvenne il 13 marzo 483. Di famiglia romana della gens Anicia. La sua elezione avvenne con il consenso popolare, di quello clericale e ratificato da un funzionario dell' imperatore Zenone, imperatore del Sacro Romano Impero d' Oriente (nda: quasi fosse stato un atto notarile)., non senza qualche intromissione da parte di Odoacre, re degli unni e fautore della deposizione di Romolo Augustolo.
Il pontificato di Felice III fu caratterizzato, in particolar modo, dal tentativo di dirimere le diverse posizioni sul modus operandi circa l'elezione alla cattedra di San Pietro tra chiesa romana e chiesa d'oriente attraverso tre concili romani ( nda: rispettivamente nel 484, 485 e 489, tenuti sulla questione dell' Henoticon, ovvero sul sofisma monofistico della natura del Cristo ); culminato con la scomunica dei monaci e vescovi ortodossi e del loro principale ispiratore Acacio, Patriarca di Costantinopoli.

Le sfide tra la chiesa romana e quella orientale ebbero notevoli ripercussioni sul piano politico e temporale, fino a portare intere popolazioni a schierarsi le une conto le altre, quali: i popoli italici dominati dagli ostrogoti di Teodorico contro i propri fratelli, sorelle e cugini dominati dai vandali di Odoacre.

Felice III morì il 1° marzo del 492 e fu sepolto, unico tra tutti i papi, nella basilica di San Paolo. Compare ancora nel calendario universale come santità alternativa e viene festeggiato appunto, il 1° marzo.